Secondo i rapporti della FDA, gli effetti collaterali più comuni di semaglutide includono nausea, diarrea, vomito, costipazione, dolore addominale, gonfiore, vertigini, mal di testa, indigestione, ipoglicemia, gastroenterite e malattia da reflusso gastroesofageo.

Nei casi più gravi, semaglutide può causare pancreatite, calcoli biliari, danno renale acuto, danno retinico e aumento della frequenza cardiaca.

Le persone che assumono semaglutide hanno un'incidenza di pancreatite 4,6 volte maggiore rispetto a quelle che assumono altri tipi di farmaci dimagranti-ed è anche associata a una maggiore incidenza di gastroparesi.